Key numbers of the unit

  • 63 Lecturers and professor
  • 3 Staff scientists
  • 37 Qualified research supervisors (HDR)
  • 22 Technical and administrative staff
  • 21 / 8 phD students /
    Postdocs students
  • 437 Publications ACL
    2018-2023

Research topics / Know-how

  • Monocarbones

    Monocarbon metabolism and epigenomics of the developmental origins of hereditary and complex diseases

    Early deficiency of methyl-donor micronutrients creates fetal programming mechanisms for rare and complex diseases. This results from complex mechanisms in which interactions between genetics, epigenomics and metabolic and nutritional factors of monocarbon metabolism (1-CM) play a predominant role. The team is dissecting these interactions to study the pathogenesis of pathological obesity, neurodevelopmental diseases (group 1), rare metabolic diseases (group 2) and complex diseases linked to fetal programming (group 3).

    Contact(s) :

    Rosa-Maria RODRIGUEZ-GUEANT
    rosa-maria.gueant-rodriguez [at] univ-lorraine.fr
    Carine BOSSENMEYER-POURIE
    carine.pourie [at] univ-lorraine.fr
    David COELHO
    david.coelho [at] inserm.fr

  • Obésité

    Environment, integrative biology, and precision medicine of obesity and its comorbidities

    Obesity and its co-morbidities result from the interplay between environmental (e.g. unhealthy diet, physical inactivity, stress, pollution) and biological factors (sex, age, hormonal changes (e.g. puberty, pregnancy, menopause, andropause), gut microbiota, fetal programming, epigenetics and genetics). Our main objective is to elucidate the determinants of obesity and its comorbidities and to accelerate the shift from conventional to precision medicine of obesity in France and in the world. The project will consider 4 subsets of obesity, environmental obesity, developmental obesity, monogenic obesity and polygenic obesity.

    Contact(s) :

    David MEYRE
    david.meyre [at] univ-lorraine.fr

  • MICI

    Integrative and targeted approaches in inflammatory bowel diseases (IBD)

    Our objective is to study the pathophysiology of IBD through a translational approach aimed at characterizing the impact of the exposome in the molecular and cellular mechanisms at the origin of these pathologies. The team also develops therapeutic innovation and non-invasive monitoring projects through numerous local, national and international collaborations. This work is at the heart of the IHU INFINY scientific program regarding fundamental and translational research.

    Contact(s) :

    Laurent PEYRIN-BIROULET
    laurent.peyrin-biroulet [at] univ-lorraine.fr
    Djesia ARNONE
    djesia.arnone [at] univ-lorraine.fr

  • Biomarqueurs

    Multiomics and predictive biomarkers in tumoral pathologies

    Our objective is to study the biological mechanisms underlying the genesis, evolution and mechanisms of tumor resistance to identify new therapeutic targets in indolent and transformed B-cell lymphomas, central nervous system tumors, broncho- pulmonary and olfactory cleft cancers. We develop integrative approaches in multiple omics and bioinformatics tools dedicated to cancer genomics.

    Contact(s) :

    Julien BROSÉUS
    julien.broseus [at] univ-lorraine.fr
    Guillaume GAUCHOTTE
    guillaume.gauchotte [at] univ-lorraine.fr

Staff

  • AVATAR
    Caroline REPPERT Administrative Manager UL
  • David COELHO
    David COELHO Co Director
  • AVATAR
    David MEYRE Director UL, CHRU
  • Laurent PEYRIN-BIROULET
    Laurent PEYRIN-BIROULET Co Director

phD students

  • 6A these 2023
    MARION DIVOUX
    Approche génomique des syndromes myélodysplasiques et myéloprolifératifs/myélodysplasiques
    Genomic approach of myelodysplastic syndromes and myeloproliferative/myelodysplastic syndromes
    Directeur de thèse :
    Pierre FEUGIER
    Co-directeur de thèse :
    Julien BROSEUS
  • 4A these 2024
    Irina ROTARU
    Spécificités cellulaires métaboliques de l'invalidation du gène de la méthionine synthase
    Cellular metabolic specifics of methionine synthase gene invalidation
    Directeur de thèse :
    Rosa-Maria GUEANT-RODRIGUEZ
  • 4A these 2024
    PAUL HENRI GRAINDORGE
    Rôles des hydrocarbures aromatiques polycycliques en tant que facteurs aggravants des conséquences cérébrales induits par la stéatose hépatique non alcoolique
    Roles of polycyclic aromatic hydrocarbons as aggravating factors of brain consequences induced by nonalcoholic fatty liver disease
    Directeur de thèse :
    Nathalie GROVA
    Co-directeur de thèse :
    Henri SCHROEDER
  • 4A these 2023
    VINCENT HAGHNEJAD BURCHERI
    Contribution de TREM-1 aux maladies stéatosiques du foie
    Contribution of TREM-1 to fatty liver diseases
    Directeur de thèse :
    Jean-Pierre BRONOWICKI
    Co-directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
  • 4A these 2022
    JEAN-MARIE RAVEL
    Apport des outils bio-informatiques dans l'analyse de pathologies humaines par l'analyse de réseaux moléculaires et dans l'amélioration des pratiques en génétique médicale
    Contribution of bioinformatics tools in the analysis of human pathologies through molecular network analysis and in the improvement of medical genetic practices
    Directeur de thèse :
    Inna KUPERSTEIN
    Co-directeur de thèse :
    Céline BONNET
  • 3A these 2024
    CLAIRE NOMINE
    Facteurs prédictifs de reprise pondérale après chirurgie bariatrique
    Predictive factors for weight regain after bariatric surgery
    Directeur de thèse :
    David MEYRE
  • 3A these 2024
    ELISE POURIÉ
    Conséquence d'une altération du métabolisme des monocarbones dans la physiopathologie de Huntington.
    Consequences of the perturbation on the one-carbon metabolism in the pathophysiology of Huntington's disease.
    Directeur de thèse :
    Mathilde RENAUD
  • 3A these 2024
    NICOLAS SCHEYER
    Interactions entre métabolisme des monocarbones et axe corticotrope : approche expérimentale et clinique (étude MONOCORT)
    Interactions between the metabolism of monocarbon compounds and Hypothalamic-pituitary-adrenal axis : an experimental and clinical approach (the MONOCORT study)
    Directeur de thèse :
    Brigitte LEININGER-MULLER
    Co-directeur de thèse :
    Rosa-Maria GUEANT-RODRIGUEZ
  • 3A these 2024
    Sandra EL KOUCHE
    Association entre l'exposition à diverses classes de polluants perturbateurs endocriniens, le stress, et les variations de poids chez le jeune adulte.
    Association between endocrine disruptors, stress, and weight variations in young adults.
    Directeur de thèse :
    David MEYRE
  • 3A these 2023
    MANON JEANDEL
    Interactome de la méthionine synthase et compartimentation de la synthèse de méthionine
    Interactome of methionine synthase and compartmentalization of methionine synthesis
    Directeur de thèse :
    David COELHO
    Co-directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
  • 3A these 2023
    ARNAUD MICHEL
    Impact d'une CArence périnatale en DOnneurs de Méthyle sur le dialogue Intestin-CErveau en période post-natale (CADOMICE).
    Impact of perinatal MEthyl Donor Deficiency in BRAIn-Gut communication during postnatal stage (MEDDBRAIG).
    Directeur de thèse :
    Grégory POURIE
    Co-directeur de thèse :
    Tunay KOKTEN
  • 3A these 2023
    AUDREY MALARDE
    Etude de l'efficacité et de la toxicité d'un transporteur synthétique de cuivre (TSC) dans le traitement d'un modèle murin de la maladie de Menkès.
    Study of efficacy and toxicity (cellular models) of a new copper transporter and in the treatment of a mouse model of Menkes disease
    Directeur de thèse :
    François FEILLET
    Co-directeur de thèse :
    Jean-Marc ALBERTO
  • 3A these 2023
    SALOME PUISIEUX
    Étude de la N-Homocystéinilation de la Huntingtine dans la Maladie de Huntington.
    Monocarbon metabolism disorders in Huntington's disease.
    Directeur de thèse :
    Carine BOSSENMEYER-POURIE
    Co-directeur de thèse :
    Mathilde RENAUD
  • 2A these 2024
    Noémie CAMMICIOTTO
    Etude de l'état de cataplérose dans les aciduries organiques et dans le choc septique et de sa prise en charge par l'acide carglumique et diverses molécules anaplérotiques sur modèles cellulaires et modèles murins.
    Study of the state of cataplerosis in organic aciduria and in septic shock and its management by carglumic acid and various anaplerotic molecules on cell models and mouse models.
    Directeur de thèse :
    François FEILLET
    Co-directeur de thèse :
    Arnaud WIEDEMANN
  • 2A these 2024
    Maud FERTIG
    Effet synergique de la carence gestationnelle en folate et l'exposition aux toxiques environnementaux sur le développement cérébral : évaluation de l'effet protecteur de la vitamine D.
    Synergistic effects of folate gestational deficiency and exposure to environmental pollutants on brain development: evaluation of the protective effect of Vitamin D
    Directeur de thèse :
    Brigitte LEININGER-MULLER
    Co-directeur de thèse :
    Ramia SAFAR-ALSAIED
  • 2A these 2024
    Ghislain FIEVET
    Intelligence artificielle explicable pour la fiabilité des algorithmes d'apprentissage automatique, l'analyse et la découverte dans les données omiques.
    Explainable artificial intelligence for the reliability of machine learning algorithms, analysis and discovery in omics data.
    Directeur de thèse :
    Julien BROSEUS
    Co-directeur de thèse :
    Sébastien HERGALANT
  • 2A these 2024
    GUILLEMETTE CLEMENT
    Etude de la N-homocystéinylation des protéines clés dans la maladie d'Alzheimer (HO-MA)
    Study of N-homocysteinylation of Tau and MAP1 in Alzheimer's disease
    Directeur de thèse :
    Carine BOSSENMEYER-POURIE
    Co-directeur de thèse :
    Mathilde RENAUD
  • 2A these 2023
    Romain PIUCCO
    Caractérisation épigénétique et protéomique du syndrome de Richter
    Epigenetic and proteomic characterization of Richter syndrome
    Directeur de thèse :
    Julien BROSEUS
  • 1A these 2024
    WAEL ABDEL KARIM
    Cartographie fine de l'association entre les polymorphismes codants non-synonymes du gène NPC1 et l'obésité adulte identifiée par étude d'association pangénomique dans la population européenne
    Fine mapping of the association between non-synonymous coding polymorphisms of the NPC1 gene and adult obesity identified by genome-wide association study in the European population
    Directeur de thèse :
    David MEYRE
    Co-directeur de thèse :
    Natacha DREUMONT
  • 1A these 2024
    CELIE NIGON
    Neuroinflammation Induite par une Exposition Précoce à l'α-Héxabromocyclododécane chez le rat : Impact sur la Connectivité Neuronale dans l'émergence des Troubles du Spectre Autistique
    Neuroinflammation induced by early exposure to α-HexaBromoCycloDoDecane in rats: impact on neuronal connectivity in the emergence of autism spectrum disorders
    Directeur de thèse :
    Henri SCHROEDER
    Co-directeur de thèse :
    Chloé MOREL
  • 1A these 2024
    MELISSA CURAKU
    Impact des facteurs environnementaux sur les changements épigénétiques des patients atteints de maladies inflammatoires chroniques de l'intestin.
    Impact of environmental factors on epigenetic changes in patients with inflammatory bowel diseases.
    Directeur de thèse :
    Laurent PEYRIN-BIROULET
    Co-directeur de thèse :
    MARIE BOUDAUD
  • 1A these 2024
    CLAIRE MASI
    Impact des Microplastiques alimentaires dans la sévérité de l'inflammationintestinale
    Impact of Food Microplastics on the Severity of Inflammationintestinal
    Directeur de thèse :
    Natacha DREUMONT
    Co-directeur de thèse :
    Djésia ARNONE
  • 1A these 2024
    ZEINAB ALSAKLY
    Etude de l'efficacité et de la sécurité de nanoclusters de fer pour pallier lescarences martiales sur modèles cellulaires et murins
    Study of the effectiveness and safety of iron nanoclusters to compensate for iron deficiencies in cellular and mouse models
    Directeur de thèse :
    David COELHO
    Co-directeur de thèse :
    François FEILLET
  • 1A these 2024
    SOUMEN KONAR
    CD Dynamique nutritionnelle, signatures épigénétiques et microbiote intestinal : Anatomie d'un carrefour de la programmation fœtale de l'obésité pédiatrique
    CD Unveiling the Crossroads: Nutritional Dynamics, Epigenetic Signatures, and Gut Microbiota in Fetal Programming of Pediatric Obesity
    Directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
    Co-directeur de thèse :
    Thomas Sauter
    Co-tutelle :
    University of Luxembourg
    LUXEMBOURG
  • 1A these 2024
    MARGAUX DA COSTA
    CD Modulation de la réponse gliale dans la Maladie d'Alzheimer via la régulation d'ApoE
    CD Gliosis Modulation in Azheimer disease through ApoE regulation
    Directeur de thèse :
    Thomas CLAUDEPIERRE
    Co-directeur de thèse :
    Sandra KAMINSKI
  • 1A these 2022
    Jordi ROMA
    Développement d'un cadre de modélisation multi-échelles par contraintes intégrant le métabolisme, la régulation épigénétique et le microbiome
    Development of a multi-scale constraint-based modeling framework integrating metabolism, epigenetic regulation, and the microbiome
    Directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
    Co-directeur de thèse :
    Almut HEINKEN

Pas de soutenance pour le moment

  • 21/12/2023
    14h00
    Salle de these
    ADRIENNE ASTRID GALLIZZI
    Implication des neutrophiles dans les reactions d'hypersensibilité immédiate aux bétalactames
    Involvement of neutrophils in immediate hypersensitivity reactions to betalactames
    Directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
    Co-directeur de thèse :
    Almut HEINKEN
  • 15/12/2023
    9h30
    Salle des thèses
    Sébastien HERGALANT
    Génomique des maladies rares et complexes/communes du métabolisme et de ses comorbidités
    Genomics of rare and complex/common metabolic diseases and their comorbidities
    Directeur de thèse :
    David MEYRE
  • 13/10/2023
    h00
    Salle Gallé
    JEAN-MARIE RAVEL
    Apport des outils bio-informatiques à l'étude de pathologies humaines par l'analyse de réseaux moléculaires et à l'amélioration des pratiques en génétique médicale.
    The contribution of bioinformatics tools to the study of human pathologies through the analysis of molecular networks and the improvement of medical genetics practices.
    Directeur de thèse :
    Inna KUPERSTEIN
    Co-directeur de thèse :
    Céline BONNET
  • 16/05/2023
    h00
    Amphithéâtre Lepois
    PAULINE DIMOFSKI
    Carence en donneurs de méthyles d’origine paternelle : impact sur le développement cérébral et le transport des folates
    Paternal methyl donor deficiency : impact on cerebral development and folate transport.
    Directeur de thèse :
    Brigitte LEININGER-MULLER
    Co-directeur de thèse :
    Natacha DREUMONT
  • 04/05/2023
    14h00
    Salle Gallé
    ARNAUD EDMOND WIEDEMANN
    Etude comparative des aspects cliniques et physiopathologiques des erreurs innées du métabolisme de la vitamine B12 en fonction de l’âge
    Comparative study of the clinical and physiopathological aspects of inborn errors of vitamin B12 metabolism according to aging
    Directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
    Co-directeur de thèse :
    Abderrahim OUSSALAH
  • 02/05/2023
    14h00
    à définir
    MARIE MULLER
    Lymphome et Maladie Inflamatoire chronique de l'Intestin : une étude multicentrique française de grande ampleur
    LYMPHOMA IN PATIENTS WITH INFLAMMATORY BOWEL DISEASE: A FRENCH MULTICENTRIC RETROSPECTIVE NATION WIDE STUDY FROM GETAID.
    Directeur de thèse :
    Laurent PEYRIN-BIROULET
  • 22/12/2022
    14h00
    amphithéâtre Gabriel Faivre
    KARIM MATMAT
    Influence de la méthionine synthase sur la neurogenèse postnatale &<br />
    Conséquences ophtalmologiques de l’invalidation de la méthionine synthase.
    Influence of methionine synthase on postnatal neurogenesis &<br />
    Ophthalmological consequences of invalidation of methionine synthase.
    Directeur de thèse :
    Rosa-Maria GUEANT-RODRIGUEZ
    Co-directeur de thèse :
    Jean-Baptiste CONART
  • 15/12/2022
    14h15
    salle de réunion du laboratoire NGERE
    YOUSSEF SIBLINI
    épivariations du génome entier et du promoteur du gène mmachc induites par les facteurs de stress cellulaire et la transcription anti-sens aberrante dans les cellules normales, pluripotentes et cancéreuses
    genome-wide and mmachc gene promoter epivariations induced by cellular stress factors and aberrant antisense transcription in normal, pluripotent, and cancer cells
    Directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
    Co-directeur de thèse :
    Abderrahim OUSSALAH
  • 08/12/2022
    9h00
    Salle des thèses faculté de pharmacie
    ANNE-CHARLOTTE HEBA
    La restriction de l’apport alimentaire préventive dans la prise en charge des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin dans un modèle murin.
    Preventive diet restriction in the management of chronic inflammatory bowel disease in a mouse model.
    Directeur de thèse :
    Laurent PEYRIN-BIROULET
    Co-directeur de thèse :
    Ndeye Coumba NDIAYE
  • 09/06/2022
    14h00
    Amphi Lepois
    ADRIEN AUDRY
    Modèle BMDC : l’apport de l’étude des mécanismes intracellulaires pour l’évaluation du pouvoir sensibilisant de substances industrielles.
    BMDC model : intracellular mechanisms study for the sensitizing power’s evaluation of industrial chemicals
    Directeur de thèse :
    Brigitte LEININGER-MULLER
  • 17/12/2021
    14h00
    Lepois
    ZIAD HASSAN
    Etude des mécanismes physiopathologiques à l’origine des dysfonctionnements du système nerveux central associés aux maladies rares du métabolisme de la vitamine B12 et innovation thérapeutique
    Study of the molecular mechanisms at the origin of the neurocognitive impairment associated with rare genetic diseases of the vitamin B12 metabolism and therapeutic innovation
    Directeur de thèse :
    Grégory POURIE
    Co-directeur de thèse :
    David COELHO
  • 16/12/2021
    14h30
    Amphithéâtre Lepois
    MAËLLE QUERE
    Glioblastome et méthionine-dépendance : identification des mécanismes moléculaires pour définir des nouvelles cibles thérapeutiques
    Glioblastoma and methionine-dependence: identification of molecular mechanisms as basis for new therapeutic targets
    Directeur de thèse :
    Bernard NAMOUR
    Co-directeur de thèse :
    Shyue-Fang HSU-BATTAGLIA
  • 29/01/2021
    9h30
    Amphithéâtre Galle
    PAULINE MOSCA
    Impact d’une carence en vitamines B9 et B12 sur l’épitranscriptome m6A et la méthylation des protéines histones
    Alterations of the m6A epitranscriptome and histones methylation following vitamins B9 and B12 deficiency
    Directeur de thèse :
    Bruno LEHEUP
    Co-directeur de thèse :
    Natacha DREUMONT
  • 15/12/2020
    14h00
    Salle des Thèses
    Djésia ARNONE
    Influence de la consommation alimentaire en sucre sur la sévérité de la colite chez l'animal via la modulation du microbiote intestinal
    Influence of dietary sugar consumption on colitis severity in mice and modulation of gut microbiota
    Directeur de thèse :
    Laurent PEYRIN-BIROULET
    Co-directeur de thèse :
    Franck HANSMANNEL
  • 04/11/2020
    14h00
    NA
    Darlene ANTOINE
    Étude intégrative des facteurs environnementaux, de la génétique et de l’épigénétique du patient atteint d’obésité avant et après la chirurgie bariatrique
    Integrative study of environmental factors, genetics, and epigenetics of the patient with obesity before and after bariatric surgery<br />
    <br />
    <br />
    <br />
    <br />
    <br />
    <br />
    <br />
    Directeur de thèse :
    Rosa-Maria GUEANT-RODRIGUEZ
  • 10/12/2019
    14h00
    Salle Gallé de la présidence Brabois
    Viola KOSGEI
    Manifestations cardiaques des maladies héréditaires du métabolisme cellulaire de la vitamine B12 : étude sur deux modèles murins d’invalidation des gènes mtr et mmachc
    Cardiac manifestations of inherited metabolic disease linked of cellular vitamin B12 uptake : study in two murine invalidation models of mtr and mmachc genes.<br />
    <br />
    Directeur de thèse :
    Rosa-Maria GUEANT-RODRIGUEZ
  • 09/12/2019
    14h00
    AMPHI LEPOIS
    CHARIF RASHKA
    Rôle des altérations génomiques et épigénomiques dans les mécanismes moléculaires à l’origine des pathologies associées aux maladies rares du métabolisme de la vitamine B12.
    Role of genomic and epigenomic alterations in the molecular mechanisms at the origin of the pathologies associated with rare inborn errors of vitamin B12 metabolism.
    Directeur de thèse :
    François FEILLET
    Co-directeur de thèse :
    David COELHO
  • 20/11/2019
    14h00
    la salle Gallé, le site de la présidence brabois
    Lynda SABER CHERIF
    Impact d'une carence périnatale en donneurs de méthyles sur l’ontogenèse et la plasticité des réseaux hypothalamiques et l'homéostasie énergétique
    Effects of an early methyl donor deficiency on the ontogeny and plasticity of hypothalamic networks and energy homeostasis
    Directeur de thèse :
    Jean-Luc DAVAL
    Co-directeur de thèse :
    Carine BOSSENMEYER-POURIE
  • 18/10/2019
    14h00
    Salle des Thèse d'Odontologie
    Patrice GALLET
    Cancérogenèse de l'adénocarcinome des fosses nasales: analyse génomique et transcriptionnelle de cellules de la fente olfactive prélevées par méthode non invasive
    Carcinogenesis of nasal adenocarcinomas: genomic and transcriptional analysis of cells of the olfactory cleft collected by non-invasive method
    Directeur de thèse :
    Roger JANKOWSKI
    Co-directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
  • 02/04/2019
    14h00
    Amphi A7
    Zeinab HARB
    Effets de l’inflammation viscérale dans deux modèles de stéatohépatite non alcoolique (NASH) induite par la programmation foetale ou la carence en donneurs de méthyles.
    Effects of visceral inflammation in two models of non-alcoholic steatohepatitis (NASH)produced by fetal programming effect or by methyl donor deficiency.
    Directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
    Co-directeur de thèse :
    Jean-Pierre BRONOWICKI

Equipment

The NGERE unit studies the impact of epigenetic modifications caused by nutritional imbalances and/or congenital deficiencies related to the metabolism and transport of vitamin B12 in humans.

The experimental protocols implemented in our laboratory use samples such as serum, plasma, biopsies or cell cultures of human or animal origin (nutritional and/or transgenic models).

In order to carry out its scientific projects and to fully exploit the samples at its disposal, the unit has carried out for several years a policy of acquisition of high technology equipment bought partly on its own funds or via equipment campaigns such as the CPER-BIOS or the structuring call for projects of the BMS pole.

  • High-resolution oxygraph

    Oroboros
    O2K-HR
  • Capillary electrophoresis

    Proteinsimple
    WES
  • Confocal Microscopy

    Nikon
    C2
  • Automatic microplate reader

    Molecular device
    iD3
  • Videotracking camera

    Acquisition software « Viewpoint »
  • Rodents endoscope

    Karl Storz
    Aïda
  • High-throughput sequencer

    illumina
    Nextseq 550
  • DNA microarray

    Illumina
    iScan
  • Automated Electrophoresis

    Agilent
    TapeStation 4150
  • Mass spectrometer (electro ionisation)

    Shimadzu
    LCMS 8045 ESi Triple Quad
  • Live cell analysis system

    Sartorius
    Incucyte Live-Cell Analysis System
  • Real-Time PCR System

    Bio-Rad
    CFX Connect

Services

  • Functional genomics core facility

    Functional genomics core facility

    The UMS2008 Functional Genomics Core Facility was created in 2012 and is built on the expertise of the UMR1256 n-GERE in the field of NGS sequencing for rare disease patients.

    The Core Facility provides to the scientific, academic and industrial community high-tech equipment adapted to the projects of:

    • High throughput genotyping on BeadChip Infinium Illumina chips.
    • Study of the methylation of the human genome on Infinium Methylation EPIC-Illumina chips.
    • Preparation and NGS sequencing of DNA libraries (MiSeq-Illumina sequencer, soon NextSeq 550-Illumina).
    • Bioinformatic analysis of omics data.

    Contact(s) :

  • Metabolic phenotyping

    Metabolic phenotyping

    NGERE is equipped with a mass spectrometer (Shimadzu LCMS 8045, LC-MS/MS ESI triple quad) enabling the simultaneous analysis of numerous molecules involved in various metabolic pathways such as energy metabolism, monocarbon metabolism, organic acid metabolism, etc. In order to broaden its spectrum of analysis, we are also equipped with a complementary module, the DPiMS, enabling metabolomic analysis from raw biopsies or histological sections normally incompatible with this type of instrument. This device enables us to routinely analyze and quantify various constituents in order to establish metabolic phenotyping on our cellular or animal models, or to study patient cohorts from plasma samples.

     

    To complete this metabolic phenotyping, we also have a range of high-tech instruments at our disposal, such as a high-resolution oxygraph for in vivo measurement of mitochondrial respiration (Oroboros O2k), a spectral scanning microplate reader equipped with automated injectors for absorbance, luminescence and fluorescence detection (Molecular devices iD3) and an HPLC chain (Dionex, Ultimate 3000) needed to establish metabolic profiles on all our study models.

    Contact(s) :

  • Functional study on gut brain axis

    Functional study on gut brain axis

    The use of animals for scientific purposes remains essential for the understanding of pathophysiological mechanisms and the search for new therapies for degenerative diseases. Our project aims to understand the molecular mechanisms linking disorders of monocarbon metabolism to degenerative pathologies of the liver, heart and brain, as well as the mechanisms involving the gut microbiota in the onset and evolution of chronic inflammatory bowel diseases. Our various experimental rodent models enable us to conduct behavioral, physiological and pharmacodynamic studies.

     

    In addition to an animal facility which houses our animals in compliance with current ethical rules, our laboratory has both the equipment and the skills to explore the functional characteristics of our animals, thanks to very specific instruments such as the AIDA (Karl Storz) endoscope needed to establish a diagnosis by colorectal endoscopy, or an HR camera coupled with ViewPoint (videotracking) software dedicated to the acquisition of data generated during neurobehavioral tests.

    Contact(s) :

Networks / Funding / Partners

    • Contrat AVIESAN, 2021-2025, « FHU ARRIMAGE » « Assessment and integrative Research on Remodelng-Inflammation-MetAbolic Stress in systemic and hepatoGastrointestinal mEtabolic diseases », Porteur - Jean-Louis GUÉANT
    • Contrat AVIESAN, 2021-2025, « FHU CURE » « CUring and pREventing chronic inflammatory condition », Porteur - Laurent PEYRIN-BIROULET
    • Contrat ANSES, 2021-2025, « CRAFT » « Effet synergique de la carence gestationnelle en folate et de l’exposition aux toxiques environnementaux sur le développement cérébral : impact sur le transport des folates au niveau des interfaces sang-cerveau » Porteur - Brigitte LEININGER-MULLER

    • ANR France 2030, « IHU INFINY » « Institut hospitalo-universitaire (IHU) des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI)» Porteur - Laurent PEYRIN-BIROULET, le CHRU de Nancy, la Métropole du Grand Nancy, l’Université de Lorraine et  l’INSERM Est

    • ANR, 2022-2025, « EPIGONE » « EpiGenOmics/genomic/metabolic interplay in pathomechanisms of iNborn Errors of methionine metabolism » Porteur - Jean-Louis GUÉANT

    • ANR, 2024-2026, « PREDICTS » « Multi-omic PREdictors of Diagnosis, prognosis and monitoring of Inherited errors of Cobalamin meTaboliSm » Porteur - Rosa-Maria RODRIGUEZ GUÉANT

    • ADEME, 2024-2025, « BRAINSOL / AOP-HAP » « Evaluation de la toxicité pour le cerveau des mélanges de polluants retrouvés au niveau de sites et sols pollués / Adverse outcome pathway pour les hydrocarbures aromatiques polycycliques » Porteur - Henri SCHROEDER

    • Ligue contre le Cancer, 2024-2025, « 1CCHC » « Perturbations du métabolisme des monocarbones et méthylation des ARNm : rôle dans le développement de l'hépatocarcinome » Porteur - Natacha DREUMONT

    • Ligue contre le Cancer, 2024-2025, « RICHTER » « Caractérisation du phosphoprotéomique du syndrome de Richter » Porteur - Julien BROSEUS

    • Chaire Gutenberg, 2022-2025, « EPINEMM » « Développement d'un pipeline d'analyses biologiques des systèmes intégrant nutrition, épigénome, métabolome, et microbiome pour une prédiction personnalisée du métabolisme énergenétique » Porteur - Almut HEINKEN

    • AFA CROHN, 2024-2026, « MP-IBD » « Impact of dietary MicroPlastics on the severity of intestinal inflammation » Porteur - Djésia ARNONE
    • Fondation Planiol, 2022-2025, « HO-MA » « Etude de la N-homocysteinylation des protéines clés dans la maladie d’Alzheimer » Porteur - Mathilde RENAUD

    • FRM, 2021-2025, « VELIBRATOX »  « Effets de l'exposition aux hydrocarbures aromatiques polycycliques sur le dialogue entre lésions cérébrales et Hépatiques en cas de surcharge en lipides : rôle des vésicules extracellulaires  »  Porteur - Henri SCHROEDER

Unit events

  • GMO approval
    • Authorization granted for the project: "Study of the consequences of Huntingtin homocysteinylation in the pathophysiology of Huntington's disease in the hdhQ111 mouse".
    • Authorization granted for the project: "Impact of dietary caloric intake on intestinal inflammation".
  • Radioactivity sector

    An inspection of the NGERE premises by the French Nuclear Safety Authority took place on March 5, 2020, in the presence of the persons concerned, in order to obtain the renewal of the approval.

  • Acquisition of equipment
    • Installation of a NextSeq 550 Illumina sequencer in the premises of the functional genomics core facility (UMS2008/US40 IBSLor).
    • Within the framework of the CPER-BIOS 2015-2020 (led by Inserm), an LCMS-8045 mass spectrometer (Shimadzu) as well as an associated nitrogen generator and a DPiMS module allow metabolomic analyses on biological fluids, cell and tissue extracts and histological sections.
  • Notifications of MESRI projects following a favorable opinion from the Ethics Committee on animal experimentation
    • Pr. Carine BOSSENMEYER-POURIE / Dr. Grégory POURIE: Influence of a methyl donor deficiency on the development of Huntington's disease: study on a Htt-Q111 mouse model.
    • Pr. François FEILLET / Dr. Jean-Marc ALBERTO : Study of tolerance and brain passage of a new therapeutic for Menkes disease.
    • Pr. Jean-Pierre BRONOWICKI : Impact of TREM-1 inhibition on the physiopathology of acute alcoholic hepatitis.
    • Pr. Jean-Pierre BRONOWICKI / Dr. Racha ZGHEIB : Impact of TREM-1 inhibition on the pathophysiology of acute alcoholic hepatitis.
    • Pr. Brigitte LEININGER-MULLER / Dr. Natacha DREUMONT: Consequences of paternal folate deficiency on brain development in rats.
    • Dr. Djésia ARNONE / Pr. Laurent PEYRIN-BIROULET: Impact of dietary caloric intake on intestinal inflammation.

Publications

Articles in peer reviewed journals
    • Acute severe ulcerative colitis trials: the past, the present and the future
      Sailish Honap, Vipul Jairath, Bruce E Sands, Parambir S Dulai, Silvio Danese, Laurent Peyrin-Biroulet
      - Gut - 10.1136/gutjnl-2024-332489
    • Navigating the complexities of drug development for inflammatory bowel disease
      Sailish Honap, Vipul Jairath, Silvio Danese, Laurent Peyrin-Biroulet
      - Nat Rev Drug Discov - 10.1038/s41573-024-00953-0
    • Towards personalized genome-scale modeling of inborn errors of metabolism for systems medicine applications
      Almut Heinken, Sandra El Kouche, Rosa-Maria Guéant-Rodriguez, Jean-Louis Guéant
      - Metabolism - 10.1016/j.metabol.2023.155738
    • Julien Broséus, Sébastien Hergalant, Julia Vogt, Eugen Tausch, Markus Kreuz, Anja Mottok, Christof Schneider, Caroline Dartigeas, Damien Roos-Weil, Anne Quinquenel, Charline Moulin, German Ott, Odile Blanchet, Cécile Tomowiak, Grégory Lazarian, Pierre Rouyer, Emil Chteinberg, Stephan H. Bernhart, Olivier Tournilhac, Guillaume Gauchotte, Sandra Lomazzi, Elise Chapiro, Florence Nguyen-Khac, Céline Chery, Frédéric Davi, Mathilde Hunault, Rémi Houlgatte, Andreas Rosenwald, Alain Delmer, David Meyre, Marie-Christine Béné, Catherine Thieblemont, Peter Lichter, Ole Ammerpohl, Jean-Louis Guéant, Romain Guièze, José Ignacio Martin-Subero, Florence Cymbalista, Pierre Feugier, Reiner Siebert, Stephan Stilgenbauer
      - Nat Commun - 10.1038/s41467-022-34642-6
    • Jean-Louis Guéant, Rosa-Maria Guéant-Rodriguez, Viola J Kosgei, David Coelho
      - Crit Rev Biochem Mol Biol - 10.1080/10409238.2021.1979459
    • A noncoding RNA modulator potentiates phenylalanine metabolism in mice
      Yajuan Li, Zhi Tan, Yaohua Zhang, Zhao Zhang, Qingsong Hu, Ke Liang, Yao Jun, Youqiong Ye, Yi-Chuan Li, Chunlai Li, Lan Liao, Jianming Xu, Zhen Xing, Yinghong Pan, Sujash S Chatterjee, Tina K Nguyen, Heidi Hsiao, Sergey D Egranov, Nagireddy Putluri, Cristian Coarfa, David H Hawke, Preethi H Gunaratne, Kuang-Lei Tsai, Leng Han, Mien-Chie Hung, George A Calin, Fares Namour, Jean-Louis Guéant, Ania C Muntau, Nenad Blau, V Reid Sutton, Manuel Schiff, François Feillet, Shuxing Zhang, Chunru Lin, Liuqing Yang
      - Science - 10.1126/science.aba4991
    • Rose Ghemrawi, Carole Arnold, Shyue-Fang Battaglia-Hsu, Grégory Pourié, Isabelle Trinh, Christine Bassila, Charif Rashka, Arnaud Wiedemann, Justine Flayac, Aurélie Robert, Natacha Dreumont, François Feillet, Jean-Louis Guéant, David Coelho
      - Metabolism - 10.1016/j.metabol.2019.153992
    • Benefits and limitations of genome-wide association studies
      Vivian Tam, Nikunj Patel, Michelle Turcotte, Yohan Bossé, Guillaume Paré, David Meyre
      - Nat Rev Genet - 10.1038/s41576-019-0127-1
    • Carine Bossenmeyer-Pourié, A David Smith, Sylvain Lehmann, Vincent Deramecourt, Bernard Sablonnière, Jean-Michel Camadro, Grégory Pourié, Racha Kerek, Deborah Helle, Remy Umoret, Rosa-Maria Guéant-Rodriguez, Valérie Rigau, Audrey Gabelle, Jeffrey M Sequeira, Edward V Quadros, Jean-Luc Daval, Jean-Louis Guéant
      - J Pathol - 10.1002/path.5254
    • Jean-Louis Guéant, Céline Chéry, Abderrahim Oussalah, Javad Nadaf, David Coelho, Thomas Josse, Justine Flayac, Aurélie Robert, Isabelle Koscinski, Isabelle Gastin, Pierre Filhine-Tresarrieu, Mihaela Pupavac, Alison Brebner, David Watkins, Tomi Pastinen, Alexandre Montpetit, Fadi Hariri, David Tregouët, Benjamin A Raby, Wendy K Chung, Pierre-Emmanuel Morange, D Sean Froese, Matthias R Baumgartner, Jean-François Benoist, Can Ficicioglu, Virginie Marchand, Yuri Motorin, Chrystèle Bonnemains, François Feillet, Jacek Majewski, David S Rosenblatt
      - Nat Commun - 10.1038/s41467-017-02306-5