Les polykétides bactériens sont des biomolécules particulièrement importantes en thérapie humaine et vétérinaire. Ils sont à la base de nombreux médicaments utilisés pour des traitements antibactériens, antifongiques, antihelminthiques, immunosuppresseurs ou encore antitumoraux. Ils trouvent également des applications dans la protection des cultures grâce à leurs propriétés insecticides, antifongiques ou herbicides.