Unité mixte de recherche 1256 NGERE
Nutrition-génétique et exposition aux risques environnementaux
Bâtiment C, Campus Brabois-Santé
9 Avenue de la Forêt de Haye, BP 20199
54505 VANDOEUVRE-LES-NANCY

Directeur
David MEYRE
david.meyre [at] univ-lorraine.fr
Référente administrative
Caroline REPPERT
caroline.reppert [at] univ-lorraine.fr
Génétique, Maladies rares, Métabolisme, Nutrition, Obésité, Programmation fœtale, Risques environnementaux, Neurodéveloppement, Maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), Cancers

L’unité mixte de recherche Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux (U1256 NGERE) est dirigée par le Pr David MEYRE (directeurs adjoints, Dr David COELHO et Pr Laurent PEYRIN-BIROULET) et comprend 2 équipes :

 

  • Equipe 1 : « Le métabolisme des monocarbone et épigénomique des origines développementales des maladies héréditaires et complexes », dirigée par le Pr Rosa-Maria GUEANT-RODRIGUEZ.
  • Équipe 2 : « Environnement, biologie intégrative multi-omique et médecine de précision de l'obésité, des maladies inflammatoires de l'intestin et des cancers » dirigée par le Pr David MEYRE. 

Le projet scientifique repose sur la forte implication de l’unité dans l’environnement local, national et international, en s’appuyant sur les FHU ARRIMAGE et CURE, le RHU I-DEAL et l'IHU Infiny.

 

Sur le plan international, l’unité co-pilote 3 projets européens en lien avec la nutrition, la génomique et l’épigénomique. L’unité est l’un des leaders mondiaux sur le métabolisme des monocarbones et son implication dans les maladies rares et complexes, la génétique de l'obésité et les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI).

L’unité est également très impliquée dans la recherche clinique. Le Pr. Laurent PEYRIN-BIROULET a fortement développé la recherche clinique de haut niveau dans le domaine des MICI, tout en poursuivant des travaux de recherche expérimentale sur ces maladies avec notamment l'IHU Infiny et le RHU I-DEAL.

 

Tutelle(s)

Chiffres clés de l'unité

  • 63 Enseignants-chercheurs
  • 3 Chercheurs statutaires
  • 37 Habilitations à Diriger des Recherches (HDR)
  • 22 Personnels d'appui à la recherche
  • 21 / 8 Doctorants /
    Post-doctorants
  • 437 Publications ACL
    2018-2023

Thématiques de recherche / Savoirs faire

  • Monocarbones

    Métabolisme des monocarbones et épigénomique des origines développementales des maladies héréditaires et complexes

    La carence précoce en micronutriments donneurs de méthyle crée des mécanismes de programmation fœtale sur les maladies rares et complexes. Cela résulte de mécanismes complexes dans lesquels les interactions entre la génétique, l’épigénomique et les facteurs métaboliques et nutritionnels du métabolisme des monocarbones (1-CM) jouent un rôle prédominant. L’équipe dissèque ces interactions pour étudier la pathogenèse de l’obésité pathologique, des maladies neuro-développementales (groupe 1), des maladies rares du métabolisme (groupe 2) et des maladies complexes liées à la programmation fœtale (groupe 3).

    Contact(s) :

    Rosa-Maria RODRIGUEZ-GUEANT
    rosa-maria.gueant-rodriguez [at] univ-lorraine.fr
    Carine BOSSENMEYER-POURIE
    carine.pourie [at] univ-lorraine.fr
    David COELHO
    david.coelho [at] inserm.fr

  • Obésité

    Environnement, biologie intégrative et médecine de précision de l'obésité et de ses comorbidités

    L'obésité et ses comorbidités résultent de l'interaction entre des facteurs environnementaux (mauvaise alimentation, sédentarité, stress, pollution) et biologiques (sexe, âge, changements hormonaux (par exemple, puberté, grossesse, ménopause, andropause), le microbiote intestinal, la programmation fœtale, l'épigénétique et la génétique). Notre objectif principal est d'élucider les déterminants de l'obésité et de ses comorbidités et d'accélérer le passage de la médecine conventionnelle à la médecine de précision de l'obésité en France et dans le monde. Le projet examinera 4 sous-ensembles d'obésité : l'obésité environnementale, l'obésité développementale, l'obésité monogénique et l'obésité polygénique.

    Contact(s) :

    David MEYRE
    david.meyre [at] univ-lorraine.fr

  • MICI

    Approche intégrative et ciblée dans les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI)

    Notre objectif est d'étudier la physiopathologie des MICI à travers une approche translationnelle visant à caractériser l’impact de l’exposome dans les mécanismes moléculaires et cellulaires à l’origine de ces pathologies. L’équipe développe également des projets d’innovations thérapeutiques et de monitoring non invasif au travers de nombreuses collaborations locales, nationales et internationales. Ces travaux s’inscrivent au cœur du programme scientifique de l’IHU INFINY en matière de recherche fondamentale et translationnelle.

    Contact(s) :

    Laurent PEYRIN-BIROULET
    laurent.peyrin-biroulet [at] univ-lorraine.fr
    Djesia ARNONE
    djesia.arnone [at] univ-lorraine.fr

  • Biomarqueurs

    Biomarqueurs multiomiques et prédictifs dans les pathologies tumorales

    Notre objectif est d'étudier les mécanismes biologiques sous-jacents à la génèse, l’évolution et les mécanismes de résistance tumorale pour identifier de nouvelles cibles thérapeutiques dans les lymphomes B indolents et transformés, les tumeurs du système nerveux central, les cancers broncho-pulmonaires et les cancers de la fente olfactive. Nous développons des approches intégratives en omiques multiples et des outils bioinformatiques dédiés à la génomique des cancers.

    Contact(s) :

    Julien BROSÉUS
    julien.broseus [at] univ-lorraine.fr
    Guillaume GAUCHOTTE
    guillaume.gauchotte [at] univ-lorraine.fr

Personnel

  • David COELHO
    David COELHO Directeur adjoint
  • MEYRE David
    David MEYRE Directeur UL, CHRU
  • AVATAR
    Caroline REPPERT Référente administrative UL
  • Laurent PEYRIN-BIROULET
    Laurent PEYRIN-BIROULET Directeur adjoint

Doctorants

  • 6A these 2023
    MARION DIVOUX
    Approche génomique des syndromes myélodysplasiques et myéloprolifératifs/myélodysplasiques
    Genomic approach of myelodysplastic syndromes and myeloproliferative/myelodysplastic syndromes
    Directeur de thèse :
    Pierre FEUGIER
    Co-directeur de thèse :
    Julien BROSEUS
  • 4A these 2024
    Irina ROTARU
    Spécificités cellulaires métaboliques de l'invalidation du gène de la méthionine synthase
    Cellular metabolic specifics of methionine synthase gene invalidation
    Directeur de thèse :
    Rosa-Maria GUEANT-RODRIGUEZ
  • 4A these 2024
    PAUL HENRI GRAINDORGE
    Rôles des hydrocarbures aromatiques polycycliques en tant que facteurs aggravants des conséquences cérébrales induits par la stéatose hépatique non alcoolique
    Roles of polycyclic aromatic hydrocarbons as aggravating factors of brain consequences induced by nonalcoholic fatty liver disease
    Directeur de thèse :
    Nathalie GROVA
    Co-directeur de thèse :
    Henri SCHROEDER
  • 4A these 2023
    VINCENT HAGHNEJAD BURCHERI
    Contribution de TREM-1 aux maladies stéatosiques du foie
    Contribution of TREM-1 to fatty liver diseases
    Directeur de thèse :
    Jean-Pierre BRONOWICKI
    Co-directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
  • 4A these 2022
    JEAN-MARIE RAVEL
    Apport des outils bio-informatiques dans l'analyse de pathologies humaines par l'analyse de réseaux moléculaires et dans l'amélioration des pratiques en génétique médicale
    Contribution of bioinformatics tools in the analysis of human pathologies through molecular network analysis and in the improvement of medical genetic practices
    Directeur de thèse :
    Inna KUPERSTEIN
    Co-directeur de thèse :
    Céline BONNET
  • 3A these 2024
    CLAIRE NOMINE
    Facteurs prédictifs de reprise pondérale après chirurgie bariatrique
    Predictive factors for weight regain after bariatric surgery
    Directeur de thèse :
    David MEYRE
  • 3A these 2024
    ELISE POURIÉ
    Conséquence d'une altération du métabolisme des monocarbones dans la physiopathologie de Huntington.
    Consequences of the perturbation on the one-carbon metabolism in the pathophysiology of Huntington's disease.
    Directeur de thèse :
    Mathilde RENAUD
  • 3A these 2024
    NICOLAS SCHEYER
    Interactions entre métabolisme des monocarbones et axe corticotrope : approche expérimentale et clinique (étude MONOCORT)
    Interactions between the metabolism of monocarbon compounds and Hypothalamic-pituitary-adrenal axis : an experimental and clinical approach (the MONOCORT study)
    Directeur de thèse :
    Brigitte LEININGER-MULLER
    Co-directeur de thèse :
    Rosa-Maria GUEANT-RODRIGUEZ
  • 3A these 2024
    Sandra EL KOUCHE
    Association entre l'exposition à diverses classes de polluants perturbateurs endocriniens, le stress, et les variations de poids chez le jeune adulte.
    Association between endocrine disruptors, stress, and weight variations in young adults.
    Directeur de thèse :
    David MEYRE
  • 3A these 2023
    SALOME PUISIEUX
    Étude de la N-Homocystéinilation de la Huntingtine dans la Maladie de Huntington.
    Monocarbon metabolism disorders in Huntington's disease.
    Directeur de thèse :
    Carine BOSSENMEYER-POURIE
    Co-directeur de thèse :
    Mathilde RENAUD
  • 3A these 2023
    MANON JEANDEL
    Interactome de la méthionine synthase et compartimentation de la synthèse de méthionine
    Interactome of methionine synthase and compartmentalization of methionine synthesis
    Directeur de thèse :
    David COELHO
    Co-directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
  • 3A these 2023
    ARNAUD MICHEL
    Impact d'une CArence périnatale en DOnneurs de Méthyle sur le dialogue Intestin-CErveau en période post-natale (CADOMICE).
    Impact of perinatal MEthyl Donor Deficiency in BRAIn-Gut communication during postnatal stage (MEDDBRAIG).
    Directeur de thèse :
    Grégory POURIE
    Co-directeur de thèse :
    Tunay KOKTEN
  • 3A these 2023
    AUDREY MALARDE
    Etude de l'efficacité et de la toxicité d'un transporteur synthétique de cuivre (TSC) dans le traitement d'un modèle murin de la maladie de Menkès.
    Study of efficacy and toxicity (cellular models) of a new copper transporter and in the treatment of a mouse model of Menkes disease
    Directeur de thèse :
    François FEILLET
    Co-directeur de thèse :
    Jean-Marc ALBERTO
  • 2A these 2024
    Noémie CAMMICIOTTO
    Etude de l'état de cataplérose dans les aciduries organiques et dans le choc septique et de sa prise en charge par l'acide carglumique et diverses molécules anaplérotiques sur modèles cellulaires et modèles murins.
    Study of the state of cataplerosis in organic aciduria and in septic shock and its management by carglumic acid and various anaplerotic molecules on cell models and mouse models.
    Directeur de thèse :
    François FEILLET
    Co-directeur de thèse :
    Arnaud WIEDEMANN
  • 2A these 2024
    Maud FERTIG
    Effet synergique de la carence gestationnelle en folate et l'exposition aux toxiques environnementaux sur le développement cérébral : évaluation de l'effet protecteur de la vitamine D.
    Synergistic effects of folate gestational deficiency and exposure to environmental pollutants on brain development: evaluation of the protective effect of Vitamin D
    Directeur de thèse :
    Brigitte LEININGER-MULLER
    Co-directeur de thèse :
    Ramia SAFAR-ALSAIED
  • 2A these 2024
    Ghislain FIEVET
    Intelligence artificielle explicable pour la fiabilité des algorithmes d'apprentissage automatique, l'analyse et la découverte dans les données omiques.
    Explainable artificial intelligence for the reliability of machine learning algorithms, analysis and discovery in omics data.
    Directeur de thèse :
    Julien BROSEUS
    Co-directeur de thèse :
    Sébastien HERGALANT
  • 2A these 2024
    GUILLEMETTE CLEMENT
    Etude de la N-homocystéinylation des protéines clés dans la maladie d'Alzheimer (HO-MA)
    Study of N-homocysteinylation of Tau and MAP1 in Alzheimer's disease
    Directeur de thèse :
    Carine BOSSENMEYER-POURIE
    Co-directeur de thèse :
    Mathilde RENAUD
  • 2A these 2023
    Romain PIUCCO
    Caractérisation épigénétique et protéomique du syndrome de Richter
    Epigenetic and proteomic characterization of Richter syndrome
    Directeur de thèse :
    Julien BROSEUS
  • 1A these 2024
    ZEINAB ALSAKLY
    Etude de l'efficacité et de la sécurité de nanoclusters de fer pour pallier lescarences martiales sur modèles cellulaires et murins
    Study of the effectiveness and safety of iron nanoclusters to compensate for iron deficiencies in cellular and mouse models
    Directeur de thèse :
    David COELHO
    Co-directeur de thèse :
    François FEILLET
  • 1A these 2024
    SOUMEN KONAR
    CD Dynamique nutritionnelle, signatures épigénétiques et microbiote intestinal : Anatomie d'un carrefour de la programmation fœtale de l'obésité pédiatrique
    CD Unveiling the Crossroads: Nutritional Dynamics, Epigenetic Signatures, and Gut Microbiota in Fetal Programming of Pediatric Obesity
    Directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
    Co-directeur de thèse :
    Thomas Sauter
    Co-tutelle :
    University of Luxembourg
    LUXEMBOURG
  • 1A these 2024
    MARGAUX DA COSTA
    CD Modulation de la réponse gliale dans la Maladie d'Alzheimer via la régulation d'ApoE
    CD Gliosis Modulation in Azheimer disease through ApoE regulation
    Directeur de thèse :
    Thomas CLAUDEPIERRE
    Co-directeur de thèse :
    Sandra KAMINSKI
  • 1A these 2024
    WAEL ABDEL KARIM
    Cartographie fine de l'association entre les polymorphismes codants non-synonymes du gène NPC1 et l'obésité adulte identifiée par étude d'association pangénomique dans la population européenne
    Fine mapping of the association between non-synonymous coding polymorphisms of the NPC1 gene and adult obesity identified by genome-wide association study in the European population
    Directeur de thèse :
    David MEYRE
    Co-directeur de thèse :
    Natacha DREUMONT
  • 1A these 2024
    CELIE NIGON
    Neuroinflammation Induite par une Exposition Précoce à l'α-Héxabromocyclododécane chez le rat : Impact sur la Connectivité Neuronale dans l'émergence des Troubles du Spectre Autistique
    Neuroinflammation induced by early exposure to α-HexaBromoCycloDoDecane in rats: impact on neuronal connectivity in the emergence of autism spectrum disorders
    Directeur de thèse :
    Henri SCHROEDER
    Co-directeur de thèse :
    Chloé MOREL
  • 1A these 2024
    MELISSA CURAKU
    Impact des facteurs environnementaux sur les changements épigénétiques des patients atteints de maladies inflammatoires chroniques de l'intestin.
    Impact of environmental factors on epigenetic changes in patients with inflammatory bowel diseases.
    Directeur de thèse :
    Laurent PEYRIN-BIROULET
    Co-directeur de thèse :
    MARIE BOUDAUD
  • 1A these 2024
    CLAIRE MASI
    Impact des Microplastiques alimentaires dans la sévérité de l'inflammationintestinale
    Impact of Food Microplastics on the Severity of Inflammationintestinal
    Directeur de thèse :
    Natacha DREUMONT
    Co-directeur de thèse :
    Djésia ARNONE
  • 1A these 2022
    Jordi ROMA
    Développement d'un cadre de modélisation multi-échelles par contraintes intégrant le métabolisme, la régulation épigénétique et le microbiome
    Development of a multi-scale constraint-based modeling framework integrating metabolism, epigenetic regulation, and the microbiome
    Directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
    Co-directeur de thèse :
    Almut HEINKEN

Pas de soutenance pour le moment

  • 21/12/2023
    14h00
    Salle de these
    ADRIENNE ASTRID GALLIZZI
    Implication des neutrophiles dans les reactions d'hypersensibilité immédiate aux bétalactames
    Involvement of neutrophils in immediate hypersensitivity reactions to betalactames
    Directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
    Co-directeur de thèse :
    Almut HEINKEN
  • 15/12/2023
    9h30
    Salle des thèses
    Sébastien HERGALANT
    Génomique des maladies rares et complexes/communes du métabolisme et de ses comorbidités
    Genomics of rare and complex/common metabolic diseases and their comorbidities
    Directeur de thèse :
    David MEYRE
  • 13/10/2023
    h00
    Salle Gallé
    JEAN-MARIE RAVEL
    Apport des outils bio-informatiques à l'étude de pathologies humaines par l'analyse de réseaux moléculaires et à l'amélioration des pratiques en génétique médicale.
    The contribution of bioinformatics tools to the study of human pathologies through the analysis of molecular networks and the improvement of medical genetics practices.
    Directeur de thèse :
    Inna KUPERSTEIN
    Co-directeur de thèse :
    Céline BONNET
  • 16/05/2023
    h00
    Amphithéâtre Lepois
    PAULINE DIMOFSKI
    Carence en donneurs de méthyles d’origine paternelle : impact sur le développement cérébral et le transport des folates
    Paternal methyl donor deficiency : impact on cerebral development and folate transport.
    Directeur de thèse :
    Brigitte LEININGER-MULLER
    Co-directeur de thèse :
    Natacha DREUMONT
  • 04/05/2023
    14h00
    Salle Gallé
    ARNAUD EDMOND WIEDEMANN
    Etude comparative des aspects cliniques et physiopathologiques des erreurs innées du métabolisme de la vitamine B12 en fonction de l’âge
    Comparative study of the clinical and physiopathological aspects of inborn errors of vitamin B12 metabolism according to aging
    Directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
    Co-directeur de thèse :
    Abderrahim OUSSALAH
  • 02/05/2023
    14h00
    à définir
    MARIE MULLER
    Lymphome et Maladie Inflamatoire chronique de l'Intestin : une étude multicentrique française de grande ampleur
    LYMPHOMA IN PATIENTS WITH INFLAMMATORY BOWEL DISEASE: A FRENCH MULTICENTRIC RETROSPECTIVE NATION WIDE STUDY FROM GETAID.
    Directeur de thèse :
    Laurent PEYRIN-BIROULET
  • 22/12/2022
    14h00
    amphithéâtre Gabriel Faivre
    KARIM MATMAT
    Influence de la méthionine synthase sur la neurogenèse postnatale &<br />
    Conséquences ophtalmologiques de l’invalidation de la méthionine synthase.
    Influence of methionine synthase on postnatal neurogenesis &<br />
    Ophthalmological consequences of invalidation of methionine synthase.
    Directeur de thèse :
    Rosa-Maria GUEANT-RODRIGUEZ
    Co-directeur de thèse :
    Jean-Baptiste CONART
  • 15/12/2022
    14h15
    salle de réunion du laboratoire NGERE
    YOUSSEF SIBLINI
    épivariations du génome entier et du promoteur du gène mmachc induites par les facteurs de stress cellulaire et la transcription anti-sens aberrante dans les cellules normales, pluripotentes et cancéreuses
    genome-wide and mmachc gene promoter epivariations induced by cellular stress factors and aberrant antisense transcription in normal, pluripotent, and cancer cells
    Directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
    Co-directeur de thèse :
    Abderrahim OUSSALAH
  • 08/12/2022
    9h00
    Salle des thèses faculté de pharmacie
    ANNE-CHARLOTTE HEBA
    La restriction de l’apport alimentaire préventive dans la prise en charge des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin dans un modèle murin.
    Preventive diet restriction in the management of chronic inflammatory bowel disease in a mouse model.
    Directeur de thèse :
    Laurent PEYRIN-BIROULET
    Co-directeur de thèse :
    Ndeye Coumba NDIAYE
  • 09/06/2022
    14h00
    Amphi Lepois
    ADRIEN AUDRY
    Modèle BMDC : l’apport de l’étude des mécanismes intracellulaires pour l’évaluation du pouvoir sensibilisant de substances industrielles.
    BMDC model : intracellular mechanisms study for the sensitizing power’s evaluation of industrial chemicals
    Directeur de thèse :
    Brigitte LEININGER-MULLER
  • 17/12/2021
    14h00
    Lepois
    ZIAD HASSAN
    Etude des mécanismes physiopathologiques à l’origine des dysfonctionnements du système nerveux central associés aux maladies rares du métabolisme de la vitamine B12 et innovation thérapeutique
    Study of the molecular mechanisms at the origin of the neurocognitive impairment associated with rare genetic diseases of the vitamin B12 metabolism and therapeutic innovation
    Directeur de thèse :
    Grégory POURIE
    Co-directeur de thèse :
    David COELHO
  • 16/12/2021
    14h30
    Amphithéâtre Lepois
    MAËLLE QUERE
    Glioblastome et méthionine-dépendance : identification des mécanismes moléculaires pour définir des nouvelles cibles thérapeutiques
    Glioblastoma and methionine-dependence: identification of molecular mechanisms as basis for new therapeutic targets
    Directeur de thèse :
    Bernard NAMOUR
    Co-directeur de thèse :
    Shyue-Fang HSU-BATTAGLIA
  • 29/01/2021
    9h30
    Amphithéâtre Galle
    PAULINE MOSCA
    Impact d’une carence en vitamines B9 et B12 sur l’épitranscriptome m6A et la méthylation des protéines histones
    Alterations of the m6A epitranscriptome and histones methylation following vitamins B9 and B12 deficiency
    Directeur de thèse :
    Bruno LEHEUP
    Co-directeur de thèse :
    Natacha DREUMONT
  • 15/12/2020
    14h00
    Salle des Thèses
    Djésia ARNONE
    Influence de la consommation alimentaire en sucre sur la sévérité de la colite chez l'animal via la modulation du microbiote intestinal
    Influence of dietary sugar consumption on colitis severity in mice and modulation of gut microbiota
    Directeur de thèse :
    Laurent PEYRIN-BIROULET
    Co-directeur de thèse :
    Franck HANSMANNEL
  • 04/11/2020
    14h00
    NA
    Darlene ANTOINE
    Étude intégrative des facteurs environnementaux, de la génétique et de l’épigénétique du patient atteint d’obésité avant et après la chirurgie bariatrique
    Integrative study of environmental factors, genetics, and epigenetics of the patient with obesity before and after bariatric surgery<br />
    <br />
    <br />
    <br />
    <br />
    <br />
    <br />
    <br />
    Directeur de thèse :
    Rosa-Maria GUEANT-RODRIGUEZ
  • 10/12/2019
    14h00
    Salle Gallé de la présidence Brabois
    Viola KOSGEI
    Manifestations cardiaques des maladies héréditaires du métabolisme cellulaire de la vitamine B12 : étude sur deux modèles murins d’invalidation des gènes mtr et mmachc
    Cardiac manifestations of inherited metabolic disease linked of cellular vitamin B12 uptake : study in two murine invalidation models of mtr and mmachc genes.<br />
    <br />
    Directeur de thèse :
    Rosa-Maria GUEANT-RODRIGUEZ
  • 09/12/2019
    14h00
    AMPHI LEPOIS
    CHARIF RASHKA
    Rôle des altérations génomiques et épigénomiques dans les mécanismes moléculaires à l’origine des pathologies associées aux maladies rares du métabolisme de la vitamine B12.
    Role of genomic and epigenomic alterations in the molecular mechanisms at the origin of the pathologies associated with rare inborn errors of vitamin B12 metabolism.
    Directeur de thèse :
    François FEILLET
    Co-directeur de thèse :
    David COELHO
  • 20/11/2019
    14h00
    la salle Gallé, le site de la présidence brabois
    Lynda SABER CHERIF
    Impact d'une carence périnatale en donneurs de méthyles sur l’ontogenèse et la plasticité des réseaux hypothalamiques et l'homéostasie énergétique
    Effects of an early methyl donor deficiency on the ontogeny and plasticity of hypothalamic networks and energy homeostasis
    Directeur de thèse :
    Jean-Luc DAVAL
    Co-directeur de thèse :
    Carine BOSSENMEYER-POURIE
  • 18/10/2019
    14h00
    Salle des Thèse d'Odontologie
    Patrice GALLET
    Cancérogenèse de l'adénocarcinome des fosses nasales: analyse génomique et transcriptionnelle de cellules de la fente olfactive prélevées par méthode non invasive
    Carcinogenesis of nasal adenocarcinomas: genomic and transcriptional analysis of cells of the olfactory cleft collected by non-invasive method
    Directeur de thèse :
    Roger JANKOWSKI
    Co-directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
  • 02/04/2019
    14h00
    Amphi A7
    Zeinab HARB
    Effets de l’inflammation viscérale dans deux modèles de stéatohépatite non alcoolique (NASH) induite par la programmation foetale ou la carence en donneurs de méthyles.
    Effects of visceral inflammation in two models of non-alcoholic steatohepatitis (NASH)produced by fetal programming effect or by methyl donor deficiency.
    Directeur de thèse :
    Jean-Louis GUEANT
    Co-directeur de thèse :
    Jean-Pierre BRONOWICKI

Equipements

L’unité mixte de recherche Inserm U1256 - NGERE étudie l’impact des modifications épigénétiques engendrées par des déséquilibres nutritionnels et/ou des déficits congénitaux liés au métabolisme et au transport de la vitamine B12 chez l'homme.

Les protocoles expérimentaux mis en œuvre dans notre laboratoire font appel à des échantillons tels que du sérum, du plasma, des biopsies ou des cultures cellulaires d’origine humaine ou animale (modèles nutritionnels et/ou transgéniques).

Afin de mener à bien ses projets scientifiques et exploiter pleinement les échantillons dont elle dispose, l'UMR a mené depuis plusieurs années une politique d'acquisition d'équipements de haute technologie achetés en partie sur ses fonds propres ou via des campagnes d'équipements comme le CPER-BIOS ou l'appel à projet structurant du pôle BMS.

  • Oxygraphe Haute résolution

    Oroboros
    O2K-HR
  • Electrophorèse capillaire

    Proteinsimple
    WES
  • Microscope confocal

    Nikon
    C2
  • Lecteur microplaque automatisé

    Molecular device
    iD3
  • Caméra vidéotracking

    Acquisition software « Viewpoint »
  • Endoscope pour rongeurs

    Karl Storz
    Aïda
  • Séquenceur haut débit

    illumina
    Nextseq 550
  • Détecteur puces à ADN

    Illumina
    iScan
  • Electrophorèse automatisée

    Agilent
    TapeStation 4150
  • Spectromètre de masse

    Shimadzu
    LCMS 8045 ESi Triple Quad
  • Incubateur avec mesure continue de la viabilité

    Sartorius
    Incucyte Live-Cell
  • Bloc PCR temps-réel

    Bio-Rad
    CFX Connect

Services proposés

  • Plateforme de génomique fonctionnelle

    Plateforme de génomique fonctionnelle

    La plateforme de Génomique Fonctionnelle créée en 2012 s’appuie sur les compétences de l’UMR1256 n-GERE en matière de séquençage NGS des patients atteints de maladies rares.

    La plateforme met à disposition de la communauté scientifique, académique et industrielle des outils de haute technologie adaptée aux projets de :

    • Génotypage haut débit sur puces BeadChip Infinium Illumina.
    • Etude de la méthylation du génome humain sur puces Infinium Methylation EPIC-Illumina.
    • Préparation et séquençage NGS de librairies d’ADN (séquenceur MiSeq-Illumina, prochainement NextSeq 550-Illumina).
    • Analyse bioinformatique des données omiques.

    Contact(s) :

    David MEYRE
    david.meyre [at] univ-lorraine.fr
    Abderrahim OUSSALAH
    abderrahim.oussalah [at] univ-lorraine.fr

  • Phénotypage métabolique

    Phénotypage métabolique

    Le laboratoire nGERE est équipé d'un spectromètre de masse (Shimadzu LCMS 8045, LC-MS/MS ESI triple quad) permettant l'analyse simultanée de nombreuses molécules impliquées dans diverses voies métaboliques telles que le métabolisme énergétique, le métabolisme des monocarbones, le métabolisme des acides organiques, etc. Afin d'élargir son spectre d'analyse, nous sommes également équipés d'un module complémentaire, le DPiMS, permettant des analyses métabolomiques à partir de biopsies brutes ou de coupes histologiques normalement incompatibles avec ce type d'instrument. Cet appareil nous permet d'analyser et quantifier en routine différents constituants afin d'établir un phénotypage métabolique sur nos modèles cellulaires ou animaux, ou encore d'étudier des cohortes de patients à partir de prélèvement de plasma.

     

    Pour compléter ce phénotypage métabolique, nous disposons par ailleurs de divers instruments de haute technologie tels qu'un oxygraphe à haute résolution pour mesurer in vivo la respiration mitochondriale (Oroboros O2k), d'un lecteur de microplaques à balayage spectral pourvu d'injecteurs automatisés pour une détection en absorbance, luminescence et fluorescence (Molecular devices iD3) et d'une chaîne HPLC (Dionex, Ultimate 3000) nécessaires à l'établissement de profils métaboliques sur l'ensemble de nos modèles d'étude.

    Contact(s) :

    David MEYRE
    david.meyre [at] univ-lorraine.fr
    Jean-Marc ALBERTO
    jean-marc.alberto [at] univ-lorraine.fr

  • Etude fonctionnelle sur l’axe intestin cerveau

    Etude fonctionnelle sur l’axe intestin cerveau

    L'utilisation d'animaux à des fins scientifiques reste indispensable pour la compréhension des mécanismes physiopathologiques et la recherche de nouvelles thérapies concernant les maladies dégénératives. Notre projet vise à comprendre les mécanismes moléculaires liant les troubles du métabolisme des monocarbones à des pathologies dégénératives du foie, du cœur et du cerveau, mais également les mécanismes impliquant le microbiote intestinal dans la survenue et l'évolution de maladies inflammatoires chroniques de l'intestin. Nos différents modèles expérimentaux utilisant des rongeurs permettent de mener des études à la fois comportementales, physiologiques et pharmacodynamiques.

     

    Ainsi, outre une animalerie hébergeant nos animaux dans le respect des règles d'éthique en vigueur, notre laboratoire dispose à la fois des équipements et des compétences permettant l'exploration fonctionnelle de nos animaux, grâce à des instruments bien spécifiques tels que l'endoscope AIDA (Karl Storz) nécessaire à l'établissement d'un diagnostic par endoscopie colorectale, ou encore une caméra HR couplée à un logiciel ViewPoint (videotracking) dédié à l'acquisition de données générés lors de tests neurocomportementaux.

    Contact(s) :

    David MEYRE
    david.meyre [at] univ-lorraine.fr
    Grégory POURIE
    gregory.pourie [at] univ-lorraine.fr

Réseaux / Financement / Partenaires

    • Contrat AVIESAN, 2021-2025, « FHU ARRIMAGE » « Assessment and integrative Research on Remodelng-Inflammation-MetAbolic Stress in systemic and hepatoGastrointestinal mEtabolic diseases », Porteur - Jean-Louis GUÉANT
    • Contrat AVIESAN, 2021-2025, « FHU CURE » « CUring and pREventing chronic inflammatory condition », Porteur - Laurent PEYRIN-BIROULET
    • Contrat ANSES, 2021-2025, « CRAFT » « Effet synergique de la carence gestationnelle en folate et de l’exposition aux toxiques environnementaux sur le développement cérébral : impact sur le transport des folates au niveau des interfaces sang-cerveau » Porteur - Brigitte LEININGER-MULLER

    • ANR France 2030, « IHU INFINY » « Institut hospitalo-universitaire (IHU) des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI)» Porteur - Laurent PEYRIN-BIROULET, le CHRU de Nancy, la Métropole du Grand Nancy, l’Université de Lorraine et  l’INSERM Est

    • ANR, 2022-2025, « EPIGONE » « EpiGenOmics/genomic/metabolic interplay in pathomechanisms of iNborn Errors of methionine metabolism » Porteur - Jean-Louis GUÉANT

    • ANR, 2024-2026, « PREDICTS » « Multi-omic PREdictors of Diagnosis, prognosis and monitoring of Inherited errors of Cobalamin meTaboliSm » Porteur - Rosa-Maria RODRIGUEZ GUÉANT

    • ADEME, 2024-2025, « BRAINSOL / AOP-HAP » « Evaluation de la toxicité pour le cerveau des mélanges de polluants retrouvés au niveau de sites et sols pollués / Adverse outcome pathway pour les hydrocarbures aromatiques polycycliques » Porteur - Henri SCHROEDER

    • Ligue contre le Cancer, 2024-2025, « 1CCHC » « Perturbations du métabolisme des monocarbones et méthylation des ARNm : rôle dans le développement de l'hépatocarcinome » Porteur - Natacha DREUMONT

    • Ligue contre le Cancer, 2024-2025, « RICHTER » « Caractérisation du phosphoprotéomique du syndrome de Richter » Porteur - Julien BROSEUS

    • Chaire Gutenberg, 2022-2025, « EPINEMM » « Développement d'un pipeline d'analyses biologiques des systèmes intégrant nutrition, épigénome, métabolome, et microbiome pour une prédiction personnalisée du métabolisme énergenétique » Porteur - Almut HEINKEN

    • AFA CROHN, 2024-2026, « MP-IBD » « Impact of dietary MicroPlastics on the severity of intestinal inflammation » Porteur - Djésia ARNONE
    • Fondation Planiol, 2022-2025, « HO-MA » « Etude de la N-homocysteinylation des protéines clés dans la maladie d’Alzheimer » Porteur - Mathilde RENAUD

    • FRM, 2021-2025, « VELIBRATOX »  « Effets de l'exposition aux hydrocarbures aromatiques polycycliques sur le dialogue entre lésions cérébrales et Hépatiques en cas de surcharge en lipides : rôle des vésicules extracellulaires  »  Porteur - Henri SCHROEDER

Vie de l'unité

  • NGERE
    Secteur radioactivité

    Une inspection des locaux NGERE par l’Autorité de Sureté Nucléaire a eu lieu le 05 mars 2020, en présence des personnes en vue d’obtenir le renouvellement d’agrément.

  • NGERE
    Agrément OGM
    • Autorisation délivrée pour le projet : « Etude des conséquences de l’homocystéinylation de la Huntingtine dans la physiopathologie de Huntington chez la souris hdhQ111 ».
    • Autorisation délivrée pour le projet : « Impact de l’apport calorique alimentaire sur l’inflammation intestinale ».
  • NGERE
    Acquisition des équipements
    • Installation d’un séquenceur NextSeq 550 Illumina dans les locaux de la plateforme de génomique fonctionnelle, UMS2008/US40 IBSLor.
    • Dans le cadre du CPER-BIOS 2015-2020 (piloté par l’Inserm), un spectromètre de masse LCMS-8045 (Shimadzu) ainsi qu’un générateur d’azote associé et un module DPiMS permettent de faire des analyses métabolomiques sur des fluides biologiques, des extraits cellulaires et tissulaires et des coupes histologiques
  • NGERE
    Notifications de projets du MESRI faisant suite à un avis favorable de la part du Comité d’éthique en matière d’expérimentation animale
    • Pr. Carine BOSSENMEYER-POURIE / Dr. Grégory POURIE : Influence d'une carence en donneurs de méthyles sur le développement de la maladie de Huntington : étude sur un modèle souris Htt-Q111.
    • Pr. François FEILLET / Dr. Jean-Marc ALBERTO : Etude de tolérance et passage cérébral d’une nouvelle thérapeutique de la maladie de Menkes.
    • Pr. Jean-Pierre BRONOWICKI : Impact de l’inhibition de TREM-1 sur la physiopathologie de l’hépatite aiguë alcoolique.
    • Pr. Jean-Pierre BRONOWICKI / Dr. Racha ZGHEIB : Impact de l’inhibition de TREM-1 sur la physiopathologie de l’hépatite aiguë alcoolique.
    • Pr. Brigitte LEININGER-MULLER / Dr. Natacha DREUMONT : Conséquences d’une carence paternelle en folates sur le développement cérébral du rat.
    • Dr. Djésia ARNONE / Pr. Laurent PEYRIN-BIROULET : Impact de l’apport calorique alimentaire sur l’inflammation intestinale.

Publications

articles dans une revue
    • Acute severe ulcerative colitis trials: the past, the present and the future
      Sailish Honap, Vipul Jairath, Bruce E Sands, Parambir S Dulai, Silvio Danese, Laurent Peyrin-Biroulet
      - Gut - 10.1136/gutjnl-2024-332489
    • Navigating the complexities of drug development for inflammatory bowel disease
      Sailish Honap, Vipul Jairath, Silvio Danese, Laurent Peyrin-Biroulet
      - Nat Rev Drug Discov - 10.1038/s41573-024-00953-0
    • Towards personalized genome-scale modeling of inborn errors of metabolism for systems medicine applications
      Almut Heinken, Sandra El Kouche, Rosa-Maria Guéant-Rodriguez, Jean-Louis Guéant
      - Metabolism - 10.1016/j.metabol.2023.155738
    • Julien Broséus, Sébastien Hergalant, Julia Vogt, Eugen Tausch, Markus Kreuz, Anja Mottok, Christof Schneider, Caroline Dartigeas, Damien Roos-Weil, Anne Quinquenel, Charline Moulin, German Ott, Odile Blanchet, Cécile Tomowiak, Grégory Lazarian, Pierre Rouyer, Emil Chteinberg, Stephan H. Bernhart, Olivier Tournilhac, Guillaume Gauchotte, Sandra Lomazzi, Elise Chapiro, Florence Nguyen-Khac, Céline Chery, Frédéric Davi, Mathilde Hunault, Rémi Houlgatte, Andreas Rosenwald, Alain Delmer, David Meyre, Marie-Christine Béné, Catherine Thieblemont, Peter Lichter, Ole Ammerpohl, Jean-Louis Guéant, Romain Guièze, José Ignacio Martin-Subero, Florence Cymbalista, Pierre Feugier, Reiner Siebert, Stephan Stilgenbauer
      - Nat Commun - 10.1038/s41467-022-34642-6
    • Jean-Louis Guéant, Rosa-Maria Guéant-Rodriguez, Viola J Kosgei, David Coelho
      - Crit Rev Biochem Mol Biol - 10.1080/10409238.2021.1979459
    • A noncoding RNA modulator potentiates phenylalanine metabolism in mice
      Yajuan Li, Zhi Tan, Yaohua Zhang, Zhao Zhang, Qingsong Hu, Ke Liang, Yao Jun, Youqiong Ye, Yi-Chuan Li, Chunlai Li, Lan Liao, Jianming Xu, Zhen Xing, Yinghong Pan, Sujash S Chatterjee, Tina K Nguyen, Heidi Hsiao, Sergey D Egranov, Nagireddy Putluri, Cristian Coarfa, David H Hawke, Preethi H Gunaratne, Kuang-Lei Tsai, Leng Han, Mien-Chie Hung, George A Calin, Fares Namour, Jean-Louis Guéant, Ania C Muntau, Nenad Blau, V Reid Sutton, Manuel Schiff, François Feillet, Shuxing Zhang, Chunru Lin, Liuqing Yang
      - Science - 10.1126/science.aba4991
    • Rose Ghemrawi, Carole Arnold, Shyue-Fang Battaglia-Hsu, Grégory Pourié, Isabelle Trinh, Christine Bassila, Charif Rashka, Arnaud Wiedemann, Justine Flayac, Aurélie Robert, Natacha Dreumont, François Feillet, Jean-Louis Guéant, David Coelho
      - Metabolism - 10.1016/j.metabol.2019.153992
    • Benefits and limitations of genome-wide association studies
      Vivian Tam, Nikunj Patel, Michelle Turcotte, Yohan Bossé, Guillaume Paré, David Meyre
      - Nat Rev Genet - 10.1038/s41576-019-0127-1
    • Carine Bossenmeyer-Pourié, A David Smith, Sylvain Lehmann, Vincent Deramecourt, Bernard Sablonnière, Jean-Michel Camadro, Grégory Pourié, Racha Kerek, Deborah Helle, Remy Umoret, Rosa-Maria Guéant-Rodriguez, Valérie Rigau, Audrey Gabelle, Jeffrey M Sequeira, Edward V Quadros, Jean-Luc Daval, Jean-Louis Guéant
      - J Pathol - 10.1002/path.5254
    • Jean-Louis Guéant, Céline Chéry, Abderrahim Oussalah, Javad Nadaf, David Coelho, Thomas Josse, Justine Flayac, Aurélie Robert, Isabelle Koscinski, Isabelle Gastin, Pierre Filhine-Tresarrieu, Mihaela Pupavac, Alison Brebner, David Watkins, Tomi Pastinen, Alexandre Montpetit, Fadi Hariri, David Tregouët, Benjamin A Raby, Wendy K Chung, Pierre-Emmanuel Morange, D Sean Froese, Matthias R Baumgartner, Jean-François Benoist, Can Ficicioglu, Virginie Marchand, Yuri Motorin, Chrystèle Bonnemains, François Feillet, Jacek Majewski, David S Rosenblatt
      - Nat Commun - 10.1038/s41467-017-02306-5