UAR2008/US40 IBSLor
Ingénierie, Biologie, Santé en Lorraine
Biopôle, Campus Brabois-Santé
9 Avenue de la Forêt de Haye, BP 20199
54505 VANDOEUVRE-LES-NANCY
Directeur
Didier MAINARD
didier.mainard [at] univ-lorraine.fr
Didier MAINARD
didier.mainard [at] univ-lorraine.fr
Référente administrative
Julie GONNET
julie.gonnet [at] univ-lorraine.fr
Julie GONNET
julie.gonnet [at] univ-lorraine.fr
Plateforme, Technologie, Recherche, Formation, Services, Démarche Qualité
L'unité mixte de service Ingénierie, Biologie, Santé en Lorraine (UMS2008/US40 IBSLor) a été créée le 01 janvier 2018 par une unité CNRS (UMR7365 IMoPA) et deux unités INSERM (U1116 DCAC et U1256 NGERE) du Pôle Biologie Médecine Santé (BMS) de l'Université de Lorraine. Elle fait suite à la Fédération de Recherche 3209 Bioingénierie Moléculaire Cellulaire et Thérapeutique (BMCT) (CNRS-UL) (2009-2017) et dispose de 4 personnels propres et de personnels mis à disposition par les unités constituantes. L'UMS a 3 tutelles : l'Université de Lorraine et le CNRS qui contribuent à son budget de fonctionnement, et l'INSERM.
L'UMS2008/US40 IBSLor a deux missions :
- Apporter un soutien technologique et / ou technique aux projets scientifiques, académiques et industriels.
- Assurer la mise à disposition d'équipements lourds structurants sous la forme de plateformes.
L'UMS2008/US40 IBSLor possède 6 plateformes technologiques : Biophysique & biologie structurale (B2S), cytométrie, épitranscriptomique & séquençage (EpiRNA-Seq), génomique fonctionnelle, imagerie (PTIBC), et protéomique.
Les plateformes ont vocation à être à disposition de la communauté scientifique du Pôle BMS et plus largement de l'Université de Lorraine. Elles sont aussi ouvertes à tout scientifique, équipe académique ou partenaires industriels.
Tutelle(s)
Chiffres clé de l'unité
- 6 Plateformes
- 23 Collaborateurs
- 17 Services
- 38 Equipements
- 10 Formations
- 111 Publications ACL
2017-2022
Thématiques de recherche / Savoirs faire
Cytométrie
La plateforme de Cytométrie met à disposition du monde scientifique une expertise et une assistance pour soutenir des projets de recherche. L’expertise au service des utilisateurs concerne des domaines variés (analyse du cycle cellulaire et de l’apoptose, tri de cellules rares, tri multiparamétrique). Pour cela, elle propose différents services :
- Tri cellulaire.
- Analyse de cytométrie en flux.
- Formations à l’acquisition, à l’analyse et à l’interprétation des résultats obtenus.
- Mise à disposition des cytomètres après validation de la formation.
- Analyse de données (logiciel Flow-Jo).
- Conseils aux utilisateurs.
La plateforme dispose d'une tarification différentielle (équipes membres de l’UMS, académiques et industrielles).
Contact(s) :
Véronique REGNAULTveronique.regnault [at] inserm.fr
Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq)
La plateforme d'Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq) possède un véritable savoir-faire technique et méthodologique reconnu permettant de contribuer à différents projets d'Epitranscriptomique (RiboMeth-Seq, AlkAniline-Seq et HydraPsi-Seq) et de Transcriptomique (RNA-seq, miRNA-seq) pour aborder des questions scientifiques diverses telles que la dynamique des modifications post-transcriptionnelles dans les ARN, les variations d'expression des gènes, ou le profilage de petits ARN (miRNA).
La plateforme fonctionne principalement en mode collaboratif (implication de la plateforme dans les étapes de votre projet de séquençage de la conception du design expérimental jusqu'à l'analyse statistique des données). Le mode prestation (principalement séquençage de librairies préparées par vos soins sans implication de la plateforme) est également envisageable dans certaines conditions. La plateforme met à disposition de la communauté scientifique académique et industrielle des ressources de haute-technologie (séquenceurs à haut-débit de type Illumina) et dispose d'une tarification différentielle (membres, académiques et industriels).
Contact(s) :
Virginie MARCHANDvirginie.marchand [at] univ-lorraine.fr
Génomique Fonctionnelle
La plateforme de Génomique Fonctionnelle conduit des projets scientifiques à orientation clinique sur les maladies rares :
- Génotypage haut débit sur puces BeadChip Infinium Illumina.
- Etude de la méthylation du génome humain sur puces Infinium Methylation EPIC-Illumina.
- Préparation et séquençage NGS de librairies d’ADN.
- Analyse bioinformatique des données omiques.
Contact(s) :
Imagerie (PTIBC)
La plateforme d'Imagerie (PTIBC) propose :
- Un accès tarifé aux différents systèmes optiques (microscopes et macroscopes) pour les utilisateurs autonomes après formation spécifique aux différentes modalités en imagerie.
- Des prestations sur mesure et des projets collaboratifs.
Contact(s) :
Dominique DUMASdominique.dumas [at] univ-lorraine.fr
Protéomique
La plateforme de Protéomique assiste les chercheurs dans l’identification, la quantification des protéines et dans la caractérisation de leurs modifications post traductionnelles. Elle se spécialise dans l’analyse quantitative relative sans marquage et dans le développement de méthodes analytiques abordables afin de promouvoir la démocratisation des outils protéomiques pour tous types d’échantillons.
Elle développe des méthodes de préparation d’échantillons, notamment dans le domaine de l’étude de la matrice extracellulaire. Elle est ouverte à l’ensemble de la communauté institutionnelle et industrielle selon des tarifs spécifiques à chaque cas de figure et dans le respect de la charte d’utilisation.
Contact(s) :
Jean-Baptiste VINCOURTjean-baptiste.vincourt [at] univ-lorraine.fr
Biophysique & Biologie Structurale (B2S)
La plateforme de Biophysique & Biologie Structurale (B2S) offre une combinaison d’équipements destinés à la caractérisation physicochimique in vitro des protéines ou complexes, et des interactions protéine-protéine ou protéine-ligand. Elle donne accès à plusieurs équipements de pointe en biophysique (dichroïsme circulaire, microcalorimétrie, résonance plasmonique de surface, diffusion de lumière, chromatographie liquide, stopped-flow et quench-flow) et en biologie structurale (RMN équipée d’une cryosonde, et RX).
Le personnel de B2S possède un véritable savoir-faire technique et méthodologique permettant d’aborder différentes problématiques allant de la caractérisation de macrocomplexes protéiques à celles de mécanismes enzymatiques fins.
La plateforme fonctionne selon deux modes : 1) le mode service (prestations clés en mains dans le cadre, ou non, de collaborations) et 2) le mode mise à disposition d’appareils pour les utilisateurs expérimentés après une formation initiale.
Contact(s) :
Sandrine BOSCHI-MULLERsandrine.boschi [at] univ-lorraine.fr
Personnel
Sandrine BOSCHI-MULLER Coordinatrice Plateformes UL
Julie GONNET Référente administrative UL
Didier MAINARD Directeur UL, CHRU
Equipements
De nombreux équipements de pointe sont installés sur les différentes plateformes de l'UMS IBSLor pour contribuer à la réussite de vos projets de recherche. Certains instruments sont mis à disposition de la communauté scientifique ou de partenaires industriels après formation initiale des utilisateurs.
Pour connaître les modalités d'accès et réserver ces équipements, n'hésitez pas à consulter les fiches dédiées ou connectez vous sur le site de réservation.
Biophysique & Biologie Structurale (B2S)
Spectromètre de Dichroïsme Circulaire (CD)
Microcal ITC-200
SX19 stopped-flow
Spectromètre RMN 600 Mhz
X8-proteum
Cytométrie
Celesta Sorp
Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq)
Nextseq2000
Miseq
Nanodrop et TapeStation
Génomique Fonctionnelle
i-Scan
Bioanalyzer 2100
Sonicateur M220
Imagerie (PTIBC)
Macroscope TCS-SP5
Confocal SP2 et banc optique
Microscope TCS-SP8-CARS
Protéomique
Autoflex speed IV
Ultimate 3000/Proteineer FcII
Services proposés
Services proposés par la plateforme de Biophysique & Biologie Structurale (B2S)
La plateforme de Biophysique & Biologie Structurale (B2S) propose les services suivants :
- Caractérisation des protéines et complexes en solution : Mesures de contrôles qualités et analyses fonctionnelles d’échantillons de protéines (VP-DSC MicroCal, CD Chirascan-plus Applied Photophysics, DLS Malvern NanoSizer, RMN 600Mhz Bruker Avance III équipé d’une cryosonde TCI).
- Caractérisation des interactions protéine-protéine et protéine-ligand : Détermination des paramètres cinétiques et thermodynamiques d’interactions en solution ou non, de façon directe ou indirecte, par des approches de microcalorimétrie (VP-iTC MicroCal, iTC200 MicroCal), de résonance plasmonique de surface (Biacore X100 GE Healthcare), de fluorescence ou de RMN.
- Isolement et caractérisation de composés par chromatographie liquide (Ultimate 3000 BioRS Thermo Fisher Scientific): Détermination de la pureté d’un échantillon ; identification, séparation et suivi de réaction, dosage de composés dans un mélange.
- Caractérisation structurale des protéines et complexes : Détermination de la structure tridimensionnelle de macromolécules biologiques, de leur dynamique et de leur mode d’interaction par RMN ou diffraction des rayons X (TTPLAb Tech Mosquito, Diffractomètre Bruker X8-Proteum).
- Cinétiques rapides : Caractérisation de réactions très rapides, étape cruciale dans la compréhension fine des mécanismes enzymatiques (Stopped-flows Applied Photophysics en absorbance, fluorescence ou CD, quench-flow Kin Tek RQF-3).
Contact(s) :
Sandrine BOSCHI-MULLERsandrine.boschi [at] univ-lorraine.fr
Services proposés par la plateforme de Cytométrie
La plateforme de Cytométrie propose les services suivants :
- Tri cellulaire.
- Analyse de cytométrie en flux.
- Formations à l’acquisition, à l’analyse et à l’interprétation des résultats obtenus.
- Mise à disposition des cytomètres après validation de la formation.
- Analyse de données.
- Conseils aux utilisateurs.
Contact(s) :
Véronique REGNAULTveronique.regnault [at] inserm.fr
Services proposés par la plateforme d'Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq)
La plateforme d'Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq) propose les services suivants :
- Epitranscriptomique / Analyse des modifications des ARN : La plateforme est spécialisée dans le développement de techniques innovantes combinant la biologie moléculaire, la chimie des ARN et le séquençage à haut-débit pour identifier au nucléotide près les modifications post-transcriptionnelles (2'-O-méthylations, pseudouridines, 7-méthyl-guanosines, 3-méthyl-cytosines et dihydrouridines) au sein des ARN, et étudier ainsi leurs fonctions cellulaires.
- Transcriptomique / RNA-Seq et miRNA-Seq : Le transcriptome est défini comme l’ensemble des transcrits présents dans une cellule à un temps donné et dans des conditions définies. Le RNA-seq, utilisant le séquençage de nouvelle génération (NGS), est aujourd’hui une technique de choix proposée par la plateforme qui permet d’étudier de manière globale l’expression différentielle des gènes, les mécanismes d’épissage alternatif et les ARN non-codants (miRNA, lncRNA, etc).
- Préparation des échantillons / Extraction des ARN et contrôle qualité : La plateforme propose de prendre en charge l’étape d’extraction des ARN de vos échantillons, de les enrichir en fonction de vos projets et de réaliser leur contrôle qualité, ceci afin d'obtenir des résultats optimaux pour tous vos projets de séquençage.
- Séquençage de l'ADN génomique ou exome : La plateforme propose un service de séquençage de l'ADN (ADN génomique bactérien ou eucaryotique ou exomes humains avec enrichissement préalable).
Contact(s) :
Virginie MARCHANDvirginie.marchand [at] univ-lorraine.fr
Services proposés par la plateforme de Génomique Fonctionnelle
La plateforme de Génomique Fonctionnelle propose les services suivants :
- Génotypage Infinium HD : L’essai Infinium HD (Illumina) permet de réaliser des études de génotypage et/ou des analyses de variation du nombre de copies (CNV). La technique permet, selon le type de puce, le génotypage de SNPs de 3000 à plus de 5 millions de loci et ceci chez différentes espèces.
- Séquençage à haut débit (NGS) : La plateforme offre des services de séquençage haut débit de l’ADN par la technologie Illumina. Un accompagnement scientifique et technique pour le choix de la stratégie de préparation de librairies le mieux adapté aux besoins des utilisateurs est proposé (panels de gènes ciblés, séquençage de génomes entiers (micro-organismes et prochainement génomes entiers des organismes supérieurs).
- Etude de la méthylation du génome humain sur puce : L’analyse pangénomique de la méthylation de l’ADN humain est réalisée sur biopuce Infinium Methylation EPIC (Illumina). Cette analyse permet la mesure quantitative de la méthylation des résidus cytosine de plus de 850 000 sites CpG grâce à un essai de génotypage en multiplex sur de l'ADN génomique (gDNA) converti au bisulfite de sodium. L’échelle de traitement et de 8 échantillons par biopuce.
Contact(s) :
Services proposés par la plateforme d'Imagerie (PTIBC)
La plateforme d'Imagerie propose les services suivants :
- La mise en place et la gestion des chaînes numériques d’acquisition et de traitement des signaux en microscopies photoniques de fluorescence à n-dimensions : Microscopie conventionnelle à sectionnement optique (3D) associée au traitement d’images par déconvolution 3D itérative ; Microscopie 3D spectrale et confocale à balayage laser ; Microscopie 3D à balayage laser Multiphotonique ; Microscopie 3D de fluorescence résolue dans le temps ; Microscopie à corrélation de Fluorescence (FCS) ; Microscopie CARS ; Macroscopie à épifluorescence ; Macroscopie à excitation multiphotonique ; Microscope CARS (développement).
- La gestion et la location de dispositifs autour de l’imagerie en temps réel : MICA (chambre d’incubation), CYTONOTE 1w (détection en imagerie DHM).
- L’assistance à l’utilisation des équipements.
- La participation au traitement et à l’interprétation des images.
- L'aide à l’établissement des protocoles de préparation des échantillons selon la problématique posée.
Contact(s) :
Dominique DUMASdominique.dumas [at] univ-lorraine.fr
Services proposés par la plateforme de Protéomique
La plateforme de Protéomique propose les services suivants :
- LC-MALDI : Traitement chimique et enzymatique de pièces de gels de polyacrylamide ou d’échantillon en solution et extraction pour identification exhaustive des constituants protéiques ; analyse MALDI MS et MS/MS, traitement des données, interrogation bases de données et rapport analytique.
- Quantification relative sans marquage par LC-MALDI : Traitement chimique et enzymatique de morceaux de gels de polyacrylamide ou d’échantillon en solution et extraction pour identification exhaustive des constituants protéiques ; analyse physique, traitement des données y compris quantitatives et statistiques, interrogation bases de données et rapport analytique.
- Identification de protéines à partir de morceaux de gel : Traitement chimique et enzymatique de pièces de gels de polyacrylamide et extraction pour identification des constituants protéiques majeurs ; analyse MALDI MS et MS/MS, traitement des données, interrogation bases de données et rapport analytique.
- Développement analytique : Pour des besoins spécifiques, la plateforme développe à façon, suivant des méthodologies exploratoires jalonnées, des protocoles dédiés, basés sur l’électrophorèse mono- ou bi-dimensionnelle des protéines, toute méthode HPLC et la spectrométrie de masse.
Contact(s) :
Jean-Baptiste VINCOURTjean-baptiste.vincourt [at] univ-lorraine.fr
Réseaux / Financement / Partenaires
- 2019 : Pré-labellisation de la plateforme Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq).
- 2008 : Labellisation de la plateforme Imagerie (PTIBC).
- 2019 : Intégration de la plateforme Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq) au réseau européen COST EPITRAN.
- 2015 : Intégration de la plateforme Biophysique & Biologie Structurale (B2S) à l’association ARBRE (Association of Resources for Biophysical Research in Europe).
- 2020 : Fonds FEDER pour l'achat d'une cryosonde/cryoplateforme (RMN, Plateforme B2S).
- 2020 : Projet CATSALYSE, 145 k€ (QUINTERNET M., IBSLor, KRIZNIK A., IMoPA Eq.3 Redox, CHAGOT M.E, IMoPA Eq.1)
- 2020 : Labellisation des plateformes Biophysique & Biologie Structurale (B2S), Cytométrie et Protéomique.
- 2019 : Labellisation de la plateforme Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq).
Innovations
- - Brevets
- 2 Déclarations d'inventions
- - Bourses ERC
Publications
- - Nature Communications - 10.1038/s41467-021-22077-4Benoît Bragantini, Christophe Charron, Maxime Bourguet, Arnaud Paul, Decebal Tiotiu, Benjamin Rothé, Hélène Marty, Guillaume Terral, Steve Hessmann, Laurence Decourty, Marie-Eve Chagot, Jean-Marc Strub, Séverine Massenet, Edouard Bertrand, Marc Quinternet, Cosmin Saveanu, Sarah Cianférani, Stéphane Labialle, Xavier Manival, Bruno Charpentier
- - Biochemistry - 10.1021/acs.biochem.1c00052Sana Dermouche, Marie-Eve Chagot, Xavier Manival, Marc Quinternet
- - NAR Cancer - 10.1093/narcan/zcaa036Virginie Marcel, Janice Kielbassa, Virginie Marchand, Kundhavai S Natchiar, Hermes Paraqindes, Flora Nguyen Van Long, Lilia Ayadi, Valérie Bourguignon-Igel, Piero Lo Monaco, Déborah Monchiet, Véronique Scott, Laurie Tonon, Susan E Bray, Alexandra Diot, Lee B Jordan, Alastair M Thompson, Jean-Christophe Bourdon, Thierry Dubois, Fabrice André, Frédéric Catez, Alain Puisieux, Yuri Motorin, Bruno P Klaholz, Alain Viari, Jean-Jacques Diaz
- - Nucleic Acids Research - 10.1093/nar/gkaa769Virginie Marchand, Florian Pichot, Paul Neybecker, Lilia Ayadi, Valérie Bourguignon-Igel, Ludivine Wacheul, Denis Lafontaine, Astrid Pinzano, Mark Helm, Yuri Motorin
- - Journal of Proteomics - 10.1016/j.jprot.2020.103718Dafné Wilhelm, Hervé Kempf, Arnaud Bianchi, Jean-Baptiste Vincourt
- - ACS Catalysis - 10.1021/acscatal.9b04471Alexandre Kriznik, Marouane Libiad, Hélène Le Cordier, Samia Boukhenouna, Michel Toledano, Sophie Rahuel-Clermont
- - Biomaterials - 10.1016/j.biomaterials.2019.03.010Maude Gluais, Johann Clouet, Marion Fusellier, Cyrille Decante, Constantin Moraru, Maeva Dutilleul, Joëlle Véziers, Julie Lesoeur, Dominique Dumas, Jérôme Abadie, Antoine Hamel, Eric Bord, Sing Yian Chew, Jérôme Guicheux, Catherine Le Visage
- - Nature - 10.1038/s41586-018-0841-4Mathieu Ringeard, Virginie Marchand, Etienne Decroly, Yuri Motorin, Yamina Bennasser
- - International Journal of Cardiology - 10.1016/j.ijcard.2018.07.130Batric Popovic, Faiez Zannad, Huguette Louis, Isabelle Clerc-Urmès, Cécile Lakomy, Sébastien Gibot, Cécile Denis, Patrick Lacolley, Véronique Regnault
- - Nature Communications - 10.1038/s41467-017-02306-5Jean-Louis Guéant, Céline Chery, Abderrahim Oussalah, Javad Nadaf, David Coelho, Thomas Josse, Justine Flayac, Aurélie Robert, Isabelle Koscinski, Isabelle Gastin, Pierre Filhine-Tresarrieu, Mihaela Pupavac, Alison Brebner, David Watkins, Tomi Pastinen, Alexandre Montpetit, Fadi Hariri, David Tregouet, Benjamin A. Raby, Wendy K. Chung, Pierre-Emmanuel Morange, D Sean Froese, Matthias Baumgartner, Jean-François Benoist, Can Ficicioglu...